11 октября 1992 года Президиум Верховного Совета Республики Абхазия принял Постановления о создании Министерства обороны, Вооруженных сил и Генерального штаба. Эта дата официально считается Днем создания Министерства обороны Абхазии.
На пятый день Отечественной войны народа Абхазии, 18 августа 1992 года Президиум Верховного Совета РА принял Указ о создании Государственного комитета обороны Абхазии под председательством В. Ардзинба. В руках ГКО сосредотачивалась вся полнота власти по обороне республики. Командующим Вооруженными Силами Абхазии был назначен полковник В. Какалия, а начальником штаба - полковник С. Сосналиев, прибывший 15 августа 1992 года в Абхазию добровольцем из Кабардино-Балкарии. Приказом ГКО командиром Гумистинского оборонительного рубежа назначается майор М. Хварцкия, полковник С. Дбар командируется на Бзыбский оборонительный рубеж.
2 октября 1992 года абхазские формирования совместно с добровольческими отрядами освободили город Гагру, а 6 октября - всю северо-западную часть Абхазии.
В целях создания боеспособной регулярной армии, 11 октября 1992 года Президиум Верховного Совета Республики Абхазия издал Указ № 8 о создании Министерства обороны и Генерального штаба РА. Исполняющим обязанности министра обороны был назначен полковник В. Аршба, который стал командующим Вооруженными Силами после подписания Московской договоренности, а начальником Генерального штаба ВС был назначен Султан Сосналиев.
Наряду с Генштабом в Минобороны стали формироваться управления, отделы и службы.
28 октября 1992 года были созданы служба тыла Вооруженных сил, управление вооружения и техники, медицинская служба.
В ходе войны в структуре МО образовался институт по работе с личным составом, который затем был преобразован в институт комиссаров. Главным комиссаром Вооруженных сил РА был назначен полковник Сергей Шамба.
8 января 1993 года Президиум Верховного Совета принял постановление о назначении Председателя Президиума Верховного Совета Республики Абхазия Владислава Ардзинба Главнокомандующим Вооруженными силами РА.